Оболочка-конфигуратор-менеджер для wine, написана на QT4:

http://sourceforge.net/projects/q4wine/

можно создавать несколько профилей запуска для приложений, т.е. под каждое тонко тюнинговать wine, задавать параметры запуска для приложений, в остальном следует попробывать :)