Что бы одним махом изменить версию в многомодульном проекте, достаточно использовать плагин versions, подключив его к корневому pom:

            <plugin>
                <groupId>org.codehaus.mojo</groupId>
                <artifactId>versions-maven-plugin</artifactId>
                <version>1.2</version>
            </plugin>

Установить версию после этого можно командой: mvn versions:set -DnewVersion=1.0.0-SNAPSHOT

или аналогичным образом.

Подробнее:

• http://mojo.codehaus.org/versions-maven-plugin/
• http://mojo.codehaus.org/versions-maven-plugin/examples/set.html