Столкнулся с тем, что в файловых менеджерах в уютненьком Арчике GPX файлы отображаются просто как “Документ XML”, соответственно если назначишь для открытия какую программу, это распространяется на все XML файлы.

Выход: сделать описание Mime типа

Рассмотрю вариант индивидуальный для пользователя, общесистемно - домашнее задание.

Шаг первый, создаём файл $HOME/.local/share/mime/packages/application-gpx+xml.xml:

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<mime-info xmlns="http://www.freedesktop.org/standards/shared-mime-info">
    <mime-type type="application/gpx+xml">
        <comment>Geoinformation data (waypoints, tracks and so on) in GPX format</comment>
        <glob-deleteall/>
        <glob pattern="*.gpx"/>
    </mime-type>
</mime-info>

Для ленивых, качаем в одну команду: wget -O $HOME/.local/share/mime/packages/application-gpx+xml.xml http://htrd.su/wiki/_export/code/post/2012/07/07/mime_tip_dlja_gpx?codeblock=0

После чего выполняем команду: update-mime-database $HOME/.local/share/mime

Усё.

Для быстрого просмотра удобна программа Viking, в Арчике есть в стандартных репозиториях.