Если при преобразовании PS в PDF на выходе наблюдается отрицательное смещение (как бы часть листа срезана) сверху, то стоит попробовать явно задать формат страницы при преобразовании: ps2pdf -sPAPERSIZE=a4 input.ps output.pdf

Скорее всего это связано с тем, что преобразование идёт по пайпу и теряется информация формате листа входного документа и используется значение по умолчанию, которое, скорее всего - letter. Эксперимент, с явным заданием letter как формата, порождает файл со смещением, что косвенно подтверждает мою догадку.