Собственно только недавно начал собирать информацию, как в отсутствии винды и доса прошить BIOS, и вот уже ответ: flashrom. Сам пока не тестировал, svn версия лежит в у ArchLinux в AUR: http://aur.archlinux.org/packages.php?ID=23390

По результатам отпищусь позже :)