Проблема странная, проявляется не сразу: вроде при запуске всё отлично работает, потом бац, перестаёт, при этом выводится сообщение слудющего содержания:

Error: in bind call: /home/user/.config/luakit/webview.lua:341: attempt to perform arithmetic on local 'p' (a nil value)

Решение проблемы нашёл тут: https://github.com/mason-larobina/luakit/issues/68, нормальный рабочий вариант получается этот: https://github.com/mason-larobina/luakit/issues/68#issuecomment-5528890