Суть проблемы: при отработке утилит вроде ozi2geotiff получался geotiff который потом не читался в том же QLandkarteGT и утилитами самого gdal (типа того же gdalwarp). Самое печальное, что это коснулось и файлов привязок для карт с росгисцентра (в формате .pgw + .prj (первый - привязка в формате ESRI World file, второй - описание проекции в формате WKT((Well Known Text))), картами и привязками можно разжиться тут или на http://rutracker.org поиском по слову ggc).
Печально потому, что если положить рядом файл карты в .png, файл привязки .pgw и описание проекции .prj (имя файла без расширения при этом должно быть одинаковым), то получить geotiff становится проще простого: gdal_translate -of GTiff -a_srs O-50-103-D.prj O-50-103-D.png O-50-103-D.tiff
Файл .pgw подхватывается автоматически, дополнительно его указывать не нужно (об этом же говорится в официальной документации про поддержку PNG: http://www.gdal.org/frmt_various.html).
В печали я написал в список рассылки разработчиков gdal, к утру получил ответ от Frank Warmerdam, с уведомлнем, что он попытался на последне версии gdal и проблемы не наблюдает. Попытался собрать и тоже проблема самоустранилась, при этом, gdalinfo выдал корректную информацию для файлов сгенерированных старым gdal_translate, эти же карты после обновления открылись и в QLandkarteGT. Так что, у кого стоит gdal 1.9.0, нужно срочно обновляться (вроде как проблемы нет уже в 1.9.1, но не проверял)
Полезные ссылки: