Кросс-компиляция в Meson достаточно проста. Выполняется, как и в CMake при помощи вспомогательного файла:

[host_machine]
system = 'linux'
cpu_family = 'aarch64'
cpu = 'aarch64'
endian = 'little'

[binaries]
c = 'aarch64-linux-gnu-gcc'
cpp = 'aarch64-linux-gnu-g++'
#ld = 'gold'
ar = 'aarch64-linux-gnu-ar'
strip = 'aarch64-linux-gnu-strip'
pkgconfig = 'pkg-config'
#exe_wrapper = 'wine' # A command used to run generated executables.

[properties]
c_args = ['-DCROSS=1', '-DSOMETHING=3']
c_link_args = ['-some_link_arg']
sys_root = '/some/path'

Сохраняем его под именем cross-build.ini и передаём meson:

mkdir build
cd build
meson --cross-file ../cross-build.ini ..

Стоит отметить, что meson ОЧЕНЬ чувствителен к значениям переменных типа CC ,CXX и LD. Он рассчитывает, что если они установлены, то они отсылают к компилятору, который генерирует код для билд-машины, иными словами - нативный код. Это актуально для среды LTIB, которая настраивает окружение таким образом, что эти переменные окружения ссылаются на кросс-компилятор. Для случая autotools и большинства случаев использования CMake - это нормально. А вот Meson может сломаться.

Ещё одной особенностью является задание линкёра - ld = xxx. Он не задаёт конкретный бинарник, а отсылает к типу: gold (бинарник ld.gold или аналогичный), bsf (ld.bsf или аналогичный). Я задал его некорректно изначально, и только запуск Meson под strace позволил выяснить причину его недовольства.